Un progetto del 1807 prevedeva l'unione di Brenta con Arcumeggia e Casalzuigno, ma il Consiglio Comunale di Brenta rigettò tale proposta per la distanza e le vie di comunicazione. Venne invece fatto presente che la comunità di Cittiglio distava da Brenta meno di un miglio, e i due comuni erano collegati da una strada postale percorribile con qualsiasi tempo ed erano già uniti per la cura spirituale.
Nel 1809 si approvò un piano di aggregazione, che venne poi modificato negli anni successivi.
Breve Storia del Comune di Brenta. Le prime notizie certe sul Comune di Brenta risalgono alla metà del '700, quando i cancellieri del Ducato di Milano furono tenuti a rispondere ai 45 quesiti della Real Giunta del Censimento che il cancelliere della comunità di Brenta eseguì in data 18 febbraio 1751. All'epoca Brenta era una comunità di 600 abitanti e faceva comune da sé e non con altri. Brenta era infeudata al Conte Giulio Visconti Borromeo Arese, a cui la Comunità pagava 99 lire e 5 soldi l'anno di censo feudale. Nel periodo successivo Brenta seguì la Valcuvia nella nuova organizzazione territoriale della Lombardia austriaca e allo stesso modo fu coinvolta nel periodo napoleonico nel turbine dei cambiamenti amministrativi, che la videro far parte successivamente del distretto di Cuvio nel dipartimento del Verbano, del distretto di Laveno nel dipartimento dell'Olona, del distretto di Varese nel dipartimento del Lario e infine, nel 1805, del cantone V di Cuvio del distretto II, Varese, nel dipartimento del Lario. In questo periodo Brenta, con i suoi 604 abitanti, rientrava fra i comuni di terza classe, per i quali era previsto un consiglio comunale di nomina prefettizia, una municipalità costituita da un Sindaco (anch'egli di nomina prefettizia) e due anziani. La nuova normativa tendeva anche all'aggregazione dei comuni minori allo scopo di avvicinarsi al numero massimo di abitanti previsto per quella classe di comuni. Brenta fu interessata da tali disposizioni e un progetto del 1807 prevedeva l'unione di Brenta con Arcumeggia e Casalzuigno, ma il Consiglio Comunale di Brenta rigettò tale proposta per la distanza e le vie di comunicazione. Venne invece fatto presente che la comunità di Cittiglio distava da Brenta meno di un miglio, e i due comuni erano collegati da una strada postale percorribile con qualsiasi tempo ed erano già uniti per la cura spirituale. Il piano di aggregazione approvato nel 1809 accolse in parte le richieste avanzate da Brenta, che divenne comune dominante unito a Casalzuigno, Cittiglio e Vararo. A seguito di ulteriori proteste dei Comuni, nel 1811 furono apportate altre modifiche, che videro Brenta ancora comune dominante, unito a Caravate, Casalzuigno, Cittiglio, Gemonio e Vararo. Infine, nel 1812 si stabilì il comune denominativo di Brenta che comprendeva in sé le frazioni di Brenta, Casalzuigno e Cittiglio, aventi rispettivamente 562, 704 e 735 abitanti per un totale di 2001. Il comune di Brenta era inserito nel Cantone II di Gavirate, del Distretto II di Varese. Le aggregazioni dell'epoca napoleonica ebbero vita breve infatti con il rientro degli austriaci, l'organizzazione territoriale del regno lombardo - veneto inserì Brenta nel distretto XVIII di Cuvio, provincia di Como, poi nel 1853 la comunità passò nel distretto XIX di Gavirate fino al sopraggiungere dell'annessione della Lombardia al Piemonte sabaudo nel 1859.
Con questa annessione entrò in vigore la legge Rattazzi che prevedeva nei comuni con popolazione inferiore ai 3000 abitanti, la formazione di un consiglio comunale composto da 15 membri, eletto a suffragio dagli aventi diritto al voto (cittadini maschi che avessero compiuto 21 anni e che pagassero almeno 5 lire di tasse dirette), una giunta municipale, eletta dal consiglio e formata da un sindaco e due assessori. Al sindaco era dato particolare rilievo: egli era infatti "capo dell'amministrazione comunale" e ufficiale di governo, era di nomina regia e durava in carica tre anni. Siamo nel 1883. Nel 1898 entra in vigore il Testo Unico della Legge comunale e provinciale che stabiliva l'elezione del Sindaco, fino ad allora di nomina regia, da parte del Consiglio Comunale a scrutino segreto. Da questa data e fino al 1927 si susseguirono vari sindaci e consigli comunali, con le varie problematiche del tempo l'intermezzo della grande guerra che mise a dura prova la comunità di Brenta. Il 12 agosto 1927 venne emesso il decreto di aggregazione dei Comuni di Brenta e Vararo a quello di Cittiglio, a firma del Presidente del Consiglio dei Ministri Benito Mussolini. Solo nel 1946 nel consiglio comunale di Cittiglio presieduto dal Sindaco Carlo Degiovanangelo e su proposta del consigliere di Antonio Buzzi, si comincia a parlare di ricostituzione del Comune di Brenta. Il Sindaco incarica i consiglieri Mario Pedotti, Piero Cadario e Antonio Isella, tutti di Brenta, di esaminare la questione sottoponendola eventualmente a una commissione. Si dovette però arrivare al 1950 prima che l'argomento venisse affrontato in consiglio.
Nella seduta del 13 aprile venne esaminata la domanda avanzata dalla maggioranza dei contribuenti della frazione di Brenta, che avendo entrate sufficienti ad assicurare i pubblici servizi, ne chiedevano l'erezione in comune autonomo, anche per la lontananza da Cittiglio. Il consiglio deliberò di aderire senza riserve affinchè la frazione di Brenta, fosse eretta in comune autonomo nei limiti territoriali del vecchio Comune di Brenta. La prefettura rispose il mese seguente significando che l'istruttoria per tale pratica era sospesa in attesa del funzionamento dei consigli Regionali. Il comitato promotore chiese il riesame della domanda e il consiglio comunale il 27.04.1952 si espresse nuovamente a favore senza riserve. Questa volta l'autorità superiore accolse la domanda e Brenta ridiventò comune autonomo con DPR n. 575 del 09 luglio 1953.
L'8 dicembre di quell'anno si insediò il nuovo consiglio comunale di Brenta eletto il 29 novembre, così composto: dott. Felice Ramorino, Giuseppe Ariodante Pozzi, Luigi Azimonti, Luigi Todeschini, Luigi Ossola, Antonio Visconti, Antonio Todeschini, Mario Del Torchio, Guido De Santi, Pierino Turuani, Giovanni Sartorio, Italo Pedotti, Riccardo Gamberini, Eugenio Campiotti, Irma Parini. Nella stessa seduta si procedette alla nomina del Sindaco: venne eletto Felice Ramorino con quattordici voti su quindici. Il 16 maggio 1962 con Decreto del Presidente della Repubblica, viene assegnato al Comune di Brenta uno stemma ed un gonfalone descritti come appresso: "Stemma: di verde, a tre api d'oro dal volo spiegato, poste 2, 1 - ornamenti esteriori da comune; Gonfalone: drappo partito, di giallo e di verde, riccamente ornato di ricami d'argento e caricato dello stemma sopra descritto con la iscrizione centrata in argento: Comune di Brenta. Le parti di metallo e i cordoni saranno argentati, con bullette argentate poste a spirale. Nella freccia sarà rappresentato lo stemma del Comune e sul gambo inciso in nome. Cravatta e nastri tricolorati dai colori nazionali frangiati d'argento". (Tratto da "Il Comune di Brenta - Storia dell'ente in età moderna e contemporanea" di Maria Teresa Luvini stampato per il 50° di rifondazione del Comune di Brenta, 2003)